在工厂上班生病了办理急辞工且有医院证明，以下特殊情况或例外情形可能会影响工厂是否扣钱的处理结果。1.医院证明的真实性与有效性存疑：若工厂有合理理由怀疑你提供的医院证明的真实性（如证明开具的医院等级较低、病情与请假时间明显不符等），工厂有权要求你到指定的医疗机构进行复查。如果复查结果显示你并不存在需要急辞工的严重病情，那么工厂可能会以你提供虚假证明为由，依据规章制度对你进行处理，包括扣钱。2.急辞工导致工厂重大损失：虽然你有医院证明，但如果你的急辞工行为直接导致工厂生产线停工、重要合同无法按时履行等重大经济损失，且劳动合同中明确约定了此种情况下的赔偿责任，工厂有权在法律允许的范围内（每月扣除不超过当月工资的20%且不低于最低工资标准）要求你承担赔偿责任，即从工资中扣除相应损失。3.特殊行业或岗位的特殊规定：某些特殊行业（如医疗、应急救援）或关键岗位，其劳动合同或行业规范中可能对员工离职有更严格的要求，即使有医院证明，急辞工也可能需要履行更复杂的交接程序或承担一定责任。如果未按特殊规定办理，工厂可能会根据相关约定进行扣款。
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在工厂上班生病了办理急辞工且有医院证明，工厂扣钱行为的合法性，我们可以从法律依据层面进行分析。《中华人民共和国劳动法》（2018年修正版）第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”你在工厂上班生病，持有医院证明办理急辞工，属于有正当理由的离职。工厂扣钱的行为若没有法定或约定的合法依据，就违反了此条规定。只有在你因急辞工给工厂造成《工资支付暂行规定》第十六条所指的“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失”的情况下，工厂才可以按照劳动合同的约定要求你赔偿经济损失，且每月扣除的部分不得超过你当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，若无上述造成损失的情形，工厂扣你钱是没有法律依据的。
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在工厂上班生病了办理急辞工且有医院证明，即便如此，仍可能存在一些潜在的法律风险。1.证据链不完整风险：如果你仅能提供医院证明，但无法证明已将该证明提交给工厂并就急辞工事宜与工厂进行过有效沟通，工厂可能会以你未按规定办理离职手续为由扣钱。例如，你拿着医院证明口头向主管请假后就未到岗，事后工厂以你旷工为由扣发工资，而你又无法证明主管当时已同意你的急辞工，此时维权就会比较被动。2.工厂规章制度合法性争议风险：如果工厂依据其内部规章制度对你的急辞工进行扣款，但该规章制度本身可能存在不合法之处（如未经过民主程序或未公示）。然而，证明规章制度不合法需要你承担举证责任，过程可能较为复杂。例如，工厂规定急辞工一律扣除半个月工资，但该规定并未经过职工代表大会讨论通过，你需要收集证据证明这一点才能主张该规定无效。
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在工厂上班生病了办理急辞工且有医院证明，工厂是否会扣钱，这需要结合具体情况来看。一般情况下，工厂不应无故扣钱。1.如果劳动合同或工厂合法有效的规章制度中，没有关于急辞工扣钱的明确约定或规定，那么工厂扣钱没有依据。2.若工厂的规章制度中虽有急辞工扣钱的规定，但该规定未经过民主程序制定、未向劳动者公示，或者内容违反法律、行政法规的强制性规定（如扣除金额超过劳动者当月工资的20%或扣除后低于当地最低工资标准），则该规定无效，工厂仍不能扣钱。3.如果工厂能够证明劳动者的急辞工行为给其造成了实际的经济损失（如生产订单延误、需要紧急招聘替代人员产生的费用等），且劳动合同或合法有效的规章制度中有相关赔偿约定，那么工厂可以要求劳动者赔偿，但赔偿金额也不得超过法律规定的限度。

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